Позиции удаленных помещений не убираются со спецификаций и настроек цветовых схем. Только вручную. Это позволяет при расположении нового помещения со списка в панеле опций его выбрать. Для удобства, можно создать отдельную спецификацию в которой можно отобрать и отфильтровать все помещения без размещения для быстрого удаления.

Перенумерация помещения самая пока трудоемкая часть работы... Позиции в процессе работы могут быть не последовательными ив разнобой. Revit автоматически запоминает последнюю позицию... Перенумерацию удобно осуществлять со спецификации открыв паралельно вид в плане. Есть утилиты позволяющие автоматизировать этот процесс. Например Room Renumber от Avatech.

Не проименованые комнаты... Где они отображаются? В маркировке нет названия или в спецификации?

Для удоства всегда делаю планы для работы, в котором помещения промаркированы одной маркировкой в которое есть все данные - номер, имя, площадь, объем, категория. А для вывода на печать - отдельные планы, в которых проставляю необходимые отдельные маркировки.